Hogwarts fue fundada hace aproximadamente mil años por los cuatro magos más reconocidos de la época: Godric Griffyndor, Salazar Slytherin, Rowena Ravenclaw, y Helga Hufflepuff. Ellos entrenaron personalmente a sus estudiantes. Al pasar del tiempo, Hogwarts creció mucho, ya que cada vez se registraban más alumnos. Lentamente, las diferencias comenzaron a surgir entre los fundadores. Los cuatro fundadores elegÃan a sus alumnos de acuerdo a un alto criterio (el cual era opuesto al de las otras casas). Slytherin, sin embargo, buscó mayores formas de selección, deseando limitar la entrada al colegio a aquellos alumnos nacidos de padres mágicos, pues desconfiaba de aquellos nacidos de padres Muggles. Este deseo le acarreó conflictos con el resto de los fundadores, particularmente con Gryffindor. La tensión también se desarrolló entre los demás fundadores, asà que la alguna vez grandiosa amistad entre Hufflepuff y Ravenclaw cayó desastrosamente, al igual que la de Gryffindor y Slytherin, y asÃ, divididos, los cuatro fundadores y sus casas persiguieron el control de la escuela, llevando a la misma a un completo caos. Slytherin, al final, escapó de la escuela, y los otros miembros, disminuidos por su pérdida, restablecieron la paz.
En un punto, antes de la partida de Slytherin, éste construyó una cámara secreta que contenÃa a un Basilisco. De acuerdo a la leyenda, él dejó ésta cámara para su progenie, para que asÃ, un eventual sucesor, llamado Heredero de Slytherin, ingresara al colegio, pudiera abrir la cámara, liberar al Basilisco, y purgar al colegio de todos los nacidos de padres Muggles. El único descendiente conocido que haya encontrado la cámara secreta es Tom Marvolo Riddle. En los libros, se da muy poca información acerca de la historia de Hogwarts luego de su fundación, al menos antes del año 1940.
Por lo menos mil años después de fundado el colegio, se instauró el Torneo de los Tres Magos, el cual enfrentaba a las tres escuelas de magia más prestigiosas de Europa: Hogwarts, Beauxbatons, y Durmstrang. Éste torneo fue considerado como la mejor forma para que los magos internacionales pudieran conocerse y socializar. El torneo continuó por seis siglos, hasta que la tasa de muertos fue muy alta, tras lo cual fue descontinuado, hasta 1994. La existencia del colegio se vio amenazada dos veces, cuando se abrió la Cámara de los Secretos. La primera vez fue en 1943, cuando Tom Riddle, el autonombrado Heredero de Slytherin y futuro Lord Voldemort, abrió la cámara en su quinto año escolar. Cuando una estudiante llamada Myrtle fue asesinada, el Ministerio de Magia amenazó con cerrar el colegio. Ya que Riddle pasaba su tiempo lejos de Hogwarts en un orfanato, no querÃa que la escuela fuera cerrada, asà que acusó a Rubeus Hagrid por el incidente, a partir del hecho que Hagrid poseÃa una Acromántula en la escuela. Hagrid, condenado por ese hecho innegable, fue expulsado, y Hogwarts continuó abierta.
En 1992, la cámara fue abierta de nuevo por Ginny Weasley, influenciada por el viejo diario de Riddle, que fue uno de los Horrocruxes de Lord Voldemort. Lucius Malfoy mezcló el diario entre sus libros escolares, para asà purgar a Hogwarts de los magos y brujas nacidos de padres Muggles. El diario permitÃa que el recuerdo de Riddle poseyera la mente de Ginny, para asà actuar a través de ella y abrir la cámara de los secretos. Sin embargo, Harry Potter descubrió la verdad, destruyó el diario, y mató al Basilisco que vivÃa en la cámara. En 1994, se revivió el Torneo de los Tres Magos, aunque con nuevas medidas de seguridad. El MortÃfago Barty Crouch Jr., disfrazado como el Profesor Alastor Moody, introdujo el nombre de Harry Potter en el Cáliz de Fuego bajo una cuarta escuela no existente, asegurándose asà que éste fuera escogido, siendo el cáliz un juez imparcial. Por consiguiente, Harry se convierte en un campeón del Torneo de los Tres Magos, aunque todos creen que engañó al cáliz. Crouch ayuda secretamente a Harry en cada prueba, asegurándose de que pueda alcanzar la Copa de los Tres Magos. La copa es en realidad un Traslador, que transporta a Harry hasta el cementerio de Little Hangleton donde Lord Voldemort y Peter Petigrew lo esperan. Harry escapa, pero Lord Voldemort logra que Pettigrew extraiga sangre de Harry para usarla en una compleja poción que le permitió alcanzar su forma fÃsica y superar algunas de la protecciones mágicas del cuerpo de Harry.
A mediados de 1997, el director Albus Dumbledore es asesinado por Severus Snape. Por lo tanto, la Profesora Minerva McGonagall es designada directora, aunque no es claro si la escuela continuará abierta. La facultad accede a seguir los procesos establecidos y dejar que los gobernadores de la escuela decidan.
Toda la historia de Hogwarts, desde su fundación hasta los tiempos modernos, puede encontrarse en el libro de texto Historia de Hogwarts (Hogwarts, a History).